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La Sede di Brera e la Sede di Merate sono provviste di ampie biblioteche, che conservano le moderne riviste astronomiche specializzate (ApJ, AJ, A&A, MNRAS, etc.) e una collezione di monografie recenti. La Sede di Brera conserva inoltre la biblioteca storica dell'Osservatorio che comprende circa 35 mila titoli a partire del '400.